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在生物资源方面，湖区多样的土地资源和良好的光、热、水条件，为生物资源的繁盛提供了适宜的生态条件，湖区成为重要的农产品和渔业生产基地。江西现有37个全国商品粮基地，湖区就有12个，占近三分之一。湖区渔业条件优势明显，鄱阳湖现有鱼类136种，多年年均渔捞产量达18000吨，在全国五大淡水湖泊中位居第二。湖区药用资源十分丰富，鄱阳湖流域共有中药材312科，2061种，其中药用植物1901种，药用动物146种，药用矿物14种，天然药物蕴藏量为92689吨。
在水环境方面，鄱阳湖湖域面积4070平方公里，湖域容积300.87亿立方米。鄱阳湖多年（1956～2005年）平均入江径流量为1473.6亿立方米，占长江干流多年平均径流量的15.6%，其中五河多年平均入湖水量1285.68亿立方米。“十五”期间鄱阳湖监测点位水质状况为Ⅳ类、Ⅴ类甚至劣Ⅴ类，超标污染物多为总磷和总氮。与2003年相比，2005年污染略有减轻，莲湖、都昌和蛤蟆石点位富营养化指数有所下降，但仍然为中营养。
鄱阳湖是目前世界上最大的越冬白鹤群体所在地，白鹤种群数量占全球的95％以上。鄱阳湖自然保护区也是迄今发现的世界上最大的鸿雁越冬群体所在地，数量达6万只以上。鄱阳湖北部的湖口是鄱阳湖与长江生物物种相互交流的重要场所，是许多重要洄游鱼类和大型水生哺乳动物迁徙的必经之路。对渔业资源的相互补充意义重大。目前，鄱阳湖的生物多样性重点地区有：南矶山湿地国家级自然保护区、吴城鄱阳湖冬候鸟国家级自然保护区、洄游鱼类和大型水生哺乳动物迁徙重点区、江豚的重要分布区、江河鱼类产卵后幼鱼洄游进入通道等。
一些水利项目的修建严重破坏水生植被，破坏鱼类的卵，影响渔业资源的增值，也极大地危害了湖区生物的生存环境。如三峡工程建成后，对湖区苔草群落产生明显影响，总趋势是延长苔草生长时间，苔草群落向泥滩推进，而泥滩向下顺推又会占据一部分浮叶植物带的位置，进一步引起浮叶植物向下推移，占据一部分沉水植物的生长空间，而以马来眼子菜一苔草群落为主的沉水植物带面积有可能缩小，进而影响以这一植物群落作为主要饵料基础的候鸟的食物结构和食物数量。在水生植物减少的情况下，水生植物很可能被鸟类过度取食，从而影响水生植被的衍生。
资源综合利用体制与机制不顺，造成管理与保护目标不协调。鄱阳湖区涉及到多个县市区的综合管理，其资源开发与管理涉及到林业、农业、水利、环保等多个部门，同时涉及多部法律法规。由于各部门履行的权利和职责不同，在湖区资源开发利用的过程中往往存在各行其是，各取所需的现象，从而导致矛盾冲突。湖区生态环境保护、资源开发等综合协调机制尚未组建，生态效益补偿以及立法制度不完善也是导致资源开发和生态环境保护不协调的重要因素。《江西省鄱阳湖湿地保护条例》有待进一步完善与落实。
湿地研究、监测科技创新与宣传教育还不能满足保护的需要。鄱阳湖区生态资源的开发以及环境保护的研究工作相对薄弱，人才缺乏，技术水平落后，监测体系不完善，环境影响的评价制度不健全。由于部门分割、部门利益，许多资源得不到共享，各种基础数据分散在各个职能部门，无法实现共享，严重地制约了对鄱阳湖的保护与利用研究工作的开展。科技创新力度不足，湖区工业企业、农业企业在开发自然资源的过程中依旧停留在粗放、附加值低下的状态。小规模、无序的、分散型的资源开发与鄱阳湖巨大的资源潜力不相称。对湖区民众的宣教力度不足，民众对鄱阳湖生态资源的保护意识不够也造成资源开发的无序和低效。
